營利事業所得稅課徵的方式有三種：
1. 書審申報 2. 查帳申報 3. 會計師簽證申報各有何優缺點
一、擴大書面審核申報：
指營業收入及非營業收入合計不超過新台幣3,000萬元之中小企業，因帳務不健全及為免除國稅局查帳之困擾，縱使帳務結算後之純益率低於擴大書審純益率，亦同意在結算時同意調整純益率至擴大書審純益率（例:帳上純益率是2%，同意申報純益率為6%）。
優點 → 被調帳查核的機會較小，案件抽查比率約10%。
缺點 →
1. 收入金額大者稅賦相當可觀
2. 營所稅率提高後，將面臨兩稅合一的稅制下，對於股東盈餘分配所須繳納綜合所得稅的稅務評估與作業問題
3. 國稅局依法抽查企業帳簿證時，往往因帳簿記錄不全、憑證不足、或記載不符規定而核定補繳稅款，金額反而較依法結算申報應繳納之稅額高出很多。
P.S.：
1. 公司提供給事務所記帳的憑證，事務所是否都予以入帳。曾聽聞有些事務所以較低記帳費吸引客戶後，僅以營業稅申報金額調整後，直接以書面純益率入帳，所給予進銷憑證則完全沒入帳。
2. 每年是否都將傳票及憑證完整交還客戶。雖然說書面查帳機率低，但真不幸被抽核，只要帳冊齊全還是可以提供給國稅局查核。但有些事務所入帳後，每年度均未將憑證貼在傳票後面，也未將帳冊印出，歸還給客戶的東西只有進銷憑證，這種情形以後是完全無法被查核的。
3. 羊毛出在羊身上。一間具規模的事務所，要辦公室租金、薪資、軟體維護等非常多的固定開銷，再者，每位記帳人員均有自已負責的客戶，上班時間完全standby回覆客戶的問題。記帳這樣的業務是非常勞力密集的，假設一個月記帳費800元、1000元的，那麼，記帳人員需要接幾家客戶才能cover事務所聘請他的成本？羊毛出在羊身上的道理，以低記帳費換來的可能是讓人覺得非常不舒服的服務！
二、查帳申報：
全年營業收入三仟萬以上,就平時記載帳冊憑證先自行計算所得及繳交稅款後，接受國稅局調帳查核決定調整增補稅款。
優點：可核實課說，虧損就不用繳稅。
缺點：公司須將帳證準備齊全，以供稅捐稽徵機關調查，如果會計人員不熟悉稅法，可能因疏忽導致補稅送罰的後果。
三、會計師簽證申報：( 財簽 )
1. 全年營業收入三仟萬以上,委任會計師查核簽證
2. 平時記帳有經過專業人員輔導，己經有較詳細成本記錄，收支正確。
3. 憑證可供查對。
4. 每年結算，必須委託會計師簽證做成簽證報告書及備有查核記錄。
5. 公司內部訂有監控商品含材料(進銷存)及人事等管理制度。並依上列所述之規定，於報表”帳列數”做適當之調整得知”申報數”後出具報告，並填具結算申報書申報。
優點：
1. 藉由會計師運用規劃與指導，善用合法的節稅管道，避免繳交不合理的稅負。
2. 採會計師簽證申報者，交際費支出可列支限額較一般申報高，以減輕稅負
3. 前十年虧損可於獲利年度自當年度純益額中扣除後，再行核課（虧損及扣除年度均經會計師簽證），達到節稅效果。
4. → 課稅所得額以原申報數為準計算未分配盈餘，所以國稅局抽查後調整的課稅所得額,不再另外加徵10%未分配盈餘稅。
→ 依據所得稅法第66條之9規定，未分配盈餘之計算，如於申報尚未經稽徵機關核定者，得以申報收計算之，其後核定調整時，稽徵機關應依第100條規定辦 理。
→ 而會計師查核簽證申報之案件，應以納稅義務人申數為準計算。故常見未分配盈餘補稅案件均為原始申報採查帳方式，而日後經稽徵機關依核定調整數加徵 10%稅款。
5. 採會計師簽證申報者，係提供會計師查核工作底稿供稽徵機關審查，故需提示資料較少，且由會計師直接對國稅局審查人員提出解釋與補充說明，以避免徵納雙方認定差異。
缺點：簽證費用較高。
結論：擴大書面審核 → 規模較小，營業額較低，帳證較不齊全
查帳申報 → 規模較大，營業額較高，帳證齊全
會計師簽證 → 營業額已逾新台幣1億元以上
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